1．堿基序列對全基因合成的影響

1. 長片段重復。大量的長片段重復很可能會延長基因合成的時間，甚至導致基因完全無法合成。
2. 高GC%�；�因內部的局部高GC%會嚴重影響PCR擴增和測序。
3. 二級結構。堿基序列的反轉、重疊等會嚴重影響PCR擴增，在測序時也可能會因此而測不通或信號突然中斷等。
4. 測序引物與基因內部的特殊序列結合導致無法正常測序，必須重新設計測序引物。

對策： 對密碼子進行優化，盡量減少基因序列中的重復序列,高GC%區和二級結構區。

2.PCR出現非特異性擴增帶

1. 引物與靶序列不完全互補、或引物聚合形成二聚體。
2. Mg2+離子濃度過高、退火溫度過低，及PCR循環次數過多。
3. 酶量過多出現非特異性擴增。

對策：

1. 重新設計引物。
2. 減低酶量或調換另一來源的酶。
3. 降低引物量，適當增加模板量，減少循環次數。
4. 適當提高退火溫度或采用二溫度點法(93℃變性，65℃左右退火與延伸)。

3.PCR出現片狀拖帶或涂抹帶

1. 酶量過多或酶的質量差。
2. dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環次數過多。

對策：

1. 減少酶量，或調換另一來源的酶。
2. 減少dNTP的濃度。適當降低Mg2+濃 度，減少循環次數。

4. DNA沒有被限制性內切酶切開或者切割不完全

1. 缺少識別序列。
2. 反應條件不合適。
3. 限制性內切酶對DNA甲基化敏感。
4. 內切酶稀釋不正確或加入方法不正確。
5. 甘油濃度過高。
6. 限制性內切酶已部分或全部失活。

對策：

1. 檢查底物DNA中是否存在可被限制酶識別的DNA序列。
2. 使用隨酶提供的反應緩沖液；增大酶量。
3. 檢查DNA是否已被甲基化以及所用的限制性內切酶是否對甲基化敏感。
4. 限制性內切酶經稀釋緩沖液稀釋后應在當天用完；限制性內切酶通常在最后加入。
5. 更換新酶進行實驗。
6. 酶的體積不能超過反應總體積的1/10。

5.電泳后電泳條帶擴散，電泳條帶移動距離異常

1. 底物DNA不純。
2. 限制性內切酶不純。
3. 酶蛋白自身或其它雜蛋白與DNA結合在一起使電泳條帶移動距離異常。

對策:

1. 用另外一種限制性內切酶與底物DNA溫育作為對照
2. 用產品說明中的底物DNA來檢測酶活性，如果電泳后條帶仍擴散，說明不正確的操作已使內切酶污染。
3. 電泳前用終濃度為0.1%的SDS在65℃與底物DNA溫育10min。

6.連接效率不高

1. 連接緩沖液已變質。
2. 限制性內切酶在連接混合物中仍具活性。
3. 非特異性的核酸酶污染。
4. 連接酶濃度太低。

對策：

1. 用新鮮的連接緩沖液重新進行連接反應。
2. 如果限制性內切酶在65℃溫育下熱穩定，酶切后應該用酚來去除去蛋白并用乙醇沉淀DNA。
3. 判斷連接反應混合物中哪種組分被污染，然后逐一將其替換。
4. 在連接反應中增大連接酶的用量（0.3-0.6 Wu/1μg），并同時使用10%PEG。酶切后用酚抽提底物DNA中的蛋白。

7．質粒及其菌株的運輸保存
在運輸過程中，質粒、甘油菌和穿刺菌均須保證低溫運輸。在實驗室內，穿刺菌應在0～4℃保存；甘油菌應在-70℃以下保存；質粒應在-20℃以下保存，并盡量避免反復凍溶。